W dniu 17 marca 2009 roku prokurator Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Krakowie skierował do Sądu Rejonowego w Krakowie - Krowodrzy akt oskarżenia przeciwko byłemu funkcjonariuszowi Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Krakowie Henrykowi C. oskarżonemu o to, że:
I. w okresie od 29 kwietnia do 3 czerwca 1950 roku w Krakowie, będąc urzędnikiem – funkcjonariuszem Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Krakowie popełnił zbrodnię komunistyczną oraz przeciwko ludzkości poprzez to, iż działając wspólnie i w porozumieniu z innymi nieustalonymi funkcjonariuszami przekraczał swoją władzę i znęcał się fizycznie i moralnie nad pozbawionym wolności Józefem L. poprzez bicie go, wkładanie stalówki pióra pod paznokcie, deptanie po paznokciach u nóg, zmuszanie do wielokrotnego powtarzania ćwiczeń fizycznych przysiadów i „żabek”, oraz wyzywanie wymienionego słowami wulgarnymi, w celu zmuszenia go do składnia określonych wyjaśnień, a przy tym uderzając go trzymanym w ręce pistoletem w twarz spowodował u niego obrażenia ciała w postaci złamania szczęki, które naruszały czynności narządów jego ciała na przeciąg 20 dni, tj. o przestępstwo z art. 246 § 1 kk z 1932 roku, art. 236 § 1a kk z 1932 roku, art. 251 kk w zw. z art. 291 kk z 1932 roku i art. 286 § 1 kk w zw. z art. 2 ust. 1 i 3 ustawy z dnia 18 grudnia 1998 roku o Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu.
II. w okresie od 8 maja do 3 czerwca 1950 roku w Krakowie, będąc urzędnikiem – funkcjonariuszem Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Krakowie popełnił zbrodnię komunistyczną oraz przeciwko ludzkości poprzez to, iż działając wspólnie i w porozumieniu z innymi nieustalonymi funkcjonariuszami przekraczał swoją władzę i znęcał się fizycznie i moralnie nad pozbawionym wolności Władysławem G., w szczególności poprzez bicie go ręką po twarzy, grożenie wymienionemu długotrwałym pozbawieniem wolności, a nawet wyrokiem śmierci, wyzywanie wymienionego słowami wulgarnymi, w celu zmuszenia go do składnia określonych wyjaśnień, tj. o przestępstwo z art. 246 § 1 kk z 1932 roku, art. 251 kk z 1932 roku, w zw. z art. 291 kk z 1932 roku i art. 286 § 1 kk z 1932 roku oraz w zw. z art. 2 ust. 1 i 3 ustawy z dnia 18 grudnia 1998 roku i Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu.
III. w dniu 3 czerwca 1950 roku w Krakowie będąc urzędnikiem – funkcjonariuszem Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Krakowie popełnił zbrodnię komunistyczną oraz przeciwko ludzkości poprzez to, że przekroczył swoją władzę i nie dopełnił swych obowiązków i nie dokonał zaznajomienia podejrzanego Władysława G. z aktami sprawy o sygn. Pr. II 108/50 Wojskowej Prokuratury Rejonowej, jednocześnie poświadczając nieprawdę w protokole zaznajomienia z dnia 3 czerwca 1950 roku przez stwierdzenie, że zaznajomił podejrzanego Władysława G. z aktami tej sprawy od karty 1 do 156, tj. o przestępstwo z art. 286 § 1 kk z 1932 roku i art. 287 § 1 kk z 1932 roku w zw. z art.2 ust. 1 i 3 ustawy z dnia 18 grudnia 1998 roku i Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu.
Sąd Rejonowy Wydział II Karny dla Krakowa Krowodrzy w Krakowie, wydał postanowienie o zwrocie sprawy prokuratorowi w celu usunięcia istotnych braków postępowania przygotowawczego. Na postanowienie to zostało złożone zażalenie, które rozpatrzył w dniu 29 maja 2009 r. Sąd Okręgowy w Krakowie, uchylając postanowienie sądu rejonowego i przekazując mu sprawę do merytorycznego rozpoznania. Sąd Rejonowy dla Krakowa – Krowodrzy odroczył rozprawę bez podania terminu. W odpowiedzi na taką decyzję sądu, prokurator złożył zażalenie na zawieszenie postępowania. Sąd Okręgowy w Krakowie w dniu 13 stycznia 2010 r. wydał postanowienie uchylające postanowienie sądu rejonowego i sprawę przekazał do Sadu Rejonowego dla Krakowa Krowodrzy celem kontynuowania postępowania.
Sąd Rejonowy dla Krakowa-Krowodrzy na posiedzeniu w dniu 26 lutego 2010 r., zawiesił postępowanie karne przeciwko Henrykowi C. albowiem zgodnie z opinią lekarzy KiZMS CM UJ jest on niezdolny do brania udziału w postępowaniu karnym przez okres 12 miesięcy. Postanowienie to zostało ponownie zaskarżone przez prokuratora. Sąd Okręgowy w Krakowie w dniu 9 kwietnia 2010 r., uchylił zaskarżone postanowienie sądu rejonowego i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania w kwestii zawieszenia postępowania. W dniu 2 czerwca 2011 r. Sąd Rejonowy dla Krakowa wydał postanowienie, na mocy którego zawiesił postępowanie karne przeciwko Henrykowi C., z uwagi na fakt, iż zachodzi długotrwała przeszkoda uniemożliwiająca uczestniczenie oskarżonego w postępowaniu sądowym. Prokurator uznał, uwzględniając wszelkie okoliczności sprawy oraz dwie opinie, na podstawie których sąd wydał wspomniane postanowienie, iż brak jest podstaw do wniesienia skutecznego zażalenia.
W dniu 21 kwietnia 2016 r. Sąd Rejonowy dla Krakowa-Krowodrzy wydał postanowienie o podjęciu zawieszonego postępowania.