W dniu 28 kwietnia 2008 roku prokurator Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Szczecinie skierował do Sądu Rejonowego dla Warszawy-Mokotowa akt oskarżenia przeciwko Czesławowi K. oskarżonemu o to, że: w dniu 11 lipca 1985 roku w Warszawie, działając jako funkcjonariusz publiczny państwa komunistycznego będąc Ministrem Spraw Wewnętrznych dopuścił się zbrodni komunistycznej polegającej na zastosowaniu represji – w postaci dyskryminacji wyznaniowej – w ten sposób, że przekraczając swoje uprawnienia wydalił ze służby porucznika Romualda K. z Wojewódzkiego Urzędu Spraw Wewnętrznych w Koszalinie rozkazem personalnym nr 02190 z dnia 11 lipca 1985 roku na podstawie art. 65 ust. 2 pkt 7 ustawy z dnia 31 stycznia 1959 roku o służbie funkcjonariuszy Milicji Obywatelskiej z uwagi na ważny interes służby, pomimo, iż rzeczywistą podstawą wydalenia pokrzywdzonego było wysłanie córki do I Komunii Świętej, czym działał na szkodę pokrzywdzonego, co stanowiło przestępstwo według polskiej ustawy karnej obowiązującej w czasie jego popełnienia, tj. o przestępstwo z art.231 § 1 kk i art. 194 kk w związku z art.11 § 2 kk oraz w zw. z art. 2 ust. 1 ustawy z dnia 18 grudnia 1998 roku o IPN-KŚZpNP.
Sąd Rejonowy dla Warszawy – Mokotowa postanowił w dniu 3 czerwca 2008 r. wystąpić do Sądu Apelacyjnego z wnioskiem o przekazanie sprawy do rozpoznania Sądowi Okręgowemu w Warszawie jako sądowi pierwszej instancji.
Postanowieniem z dnia 7 października 2008 roku Sąd Apelacyjny w Warszawie II Wydział Karny przekazał sprawę przeciwko oskarżonemu do Sądu Okręgowego w Warszawie celem dalszego prowadzenia.
W dniu 24 listopada 2008 r., Sąd Okręgowy wydał postanowienie o zwrocie akt sprawy do prokuratora IPN w celu „usunięcia istotnych braków postępowania przygotowawczego”.
Na wspomniane postanowienie złożył zażalenie prokurator. Sąd zgodził się z jego opinią i w dniu 8 stycznia 2009 r. uchylił postanowienie i przekazał sprawę Sądowi Okręgowemu do ponownego rozpoznania.
Wyrokiem z dnia 15 września 2009 r. Sąd Okręgowy w Warszawie uznał Czesława K. za winnego popełnienia zarzucanego mu czynu i na podstawie ustawy o amnestii umorzył postępowanie w tej sprawie.