W dniu 13 listopada 2006 roku prokurator Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Rzeszowie skierował do Sądu Rejonowego w Gorlicach akt oskarżenia przeciwko Stefanowi Sz. oskarżonemu o to, że w okresie od 28 maja do 10 lipca 1948 roku w Gorlicach, będąc funkcjonariuszem Powiatowego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Gorlicach, działając wspólnie i w porozumieniu z innymi funkcjonariuszami, przekroczył swoje uprawnienia wobec czterech członków działającej na terenie Gorlic Młodzieżowej Organizacji Niepodległościowej „Związek Orła Białego”, w ten sposób, że wielokrotnie przesłuchiwał pokrzywdzonych o różnych porach dnia i nocy, w trakcie tych czynności, w celu skłonienia ich do złożenia żądanych przez siebie wyjaśnień, groził im pobiciem oraz wieloletnim więzieniem, ponadto polecił on umieszczenie jednego z pokrzywdzonych nago w karcerze na okres 24 godzin, tj. o przestępstwa z art. 286 § 1 art. 246 kk. w zw. z art. 36 kk z 1932 roku w zw. z art. 2 ust. 1 Ustawy z dnia 18.12.1998 roku o IPN – KŚZpNP.
Wyrokiem z dnia 22 lutego 2007 roku Sąd Rejonowy w Gorlicach skazał oskarżonego na karę łączną 1 roku i 6 miesięcy pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem na okres 4 lat.