W dniu 30 października 2006 roku prokurator Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Warszawie skierował do Wojskowego Sądu Okręgowego w Warszawie akt oskarżenia przeciwko Wiktorowi L., Marianowi N., Józefowi Ch. i Jerzemu G. oskarżonym o to, że:
Wiktor L.- jako Wicedyrektor Departamentu Śledczego MBP w Warszawie, w okresie od 5 maja 1952 roku do 13 października 1953 roku, będąc zobowiązanym do nadzorowania zgodności stosowania i przedłużania okresu stosowania środków zapobiegawczych z ówcześnie obowiązującymi przepisami, nie dopełnił obowiązków w zakresie kontroli zasadności i terminowości podejmowanych w tym zakresie czynności procesowych w przebiegu śledztwa MBP w Warszawie przeciwko Józefowi S.,
Marian N. – jako prokurator Naczelnej Prokuratury Wojskowej w Warszawie, będąc zobowiązanym do zgodnego z ówcześnie obowiązującymi przepisami popierania przed Sądem wniosków o przedłużanie zastosowanego środka zapobiegawczego w postaci tymczasowego aresztowania na okres powyżej 6 miesięcy, nie dopełniał obowiązków w zakresie kontroli zasadności i terminowości podejmowanych w tym zakresie czynności procesowych w przebiegu śledztwa MBP w Warszawie przeciwko Józefowi S.,
Józef Franciszek Ch. - jako prokurator Naczelnej Prokuratury Wojskowej w Warszawie, będąc zobowiązanym do zgodnego z ówcześnie obowiązującym przepisami popierania przed Sądem wniosków o przedłużania zastosowanego środka zapobiegawczego w postaci tymczasowego aresztowania na okres powyżej 6 miesięcy, nie dopełniał obowiązków w zakresie kontroli zasadności i terminowości podejmowanych w tym zakresie czynności procesowych w przebiegu śledztwa MBP w Warszawie przeciwko Józefowi S.,
Jerzy Feliks G. - jako sędzia Wojskowego Sądu Rejonowego w Warszawie, będąc zobowiązanym do zgodnego z ówcześnie obowiązującym przepisami popierania przed Sądem wniosków o przedłużania zastosowanego środka zapobiegawczego w postaci tymczasowego aresztowania na okres powyżej 6 miesięcy, nie dopełniał obowiązków w zakresie kontroli zasadności i terminowości podejmowanych w tym zakresie czynności procesowych w przebiegu śledztwa MBP w Warszawie przeciwko Józefowi S. tj. o przestępstwa z art. 231 § 1 art. 18 § 2 kk. w zw. z art. 189 § 2 w zw. z art.11§ 2kk i art. 12 kk z 1997 r. w zw. z art. 2 ust. 1 Ustawy z dnia 18.12.1998 roku o IPN – KŚZpNP.
Wyrokiem z dnia 12 września 2008 roku Wojskowy Sąd Garnizonowy w Warszawie uniewinnił oskarżonych Wiktora L. i Józefa Franciszka Ch. od popełnienia zarzucanych im aktem oskarżenia czynów oraz umorzył postępowanie wobec oskarżonego Jerzego G., wobec oskarżonego Mariana N. w dniu 21 maja 2007 roku wyłączono i zawieszono postępowanie z uwagi na jego zły stan zdrowia. Termin rozprawy wyznaczono na 22 października 2008 roku.
Wyrokiem z dnia 28 października 2008 roku Wojskowy Sąd Garnizonowy w Warszawie uniewinnił oskarżonego Mariana N. od popełnienia zarzucanego mu aktem oskarżenia czynu.
Dnia 3 marca 2009 r., została wniesiona przez prokuratora apelacja w sprawie wyroku z dnia 12 września 2008 r., a w miesiąc później - dnia 10 kwietnia 2009 r. prokurator złożył apelację od wyroku z dnia 28 października 2008 r., w sprawie Mariana N. Apelację w sprawie Jerzego G. złożył również pełnomocnik oskarżyciela posiłkowego, zaskarżając wyrok z 12 września 2008 r., w części dotyczącej Jerzego G., w całości na jego niekorzyść.
W dniu 24 czerwca 2009 roku Sąd Okręgowy w Warszawie, uchylił zaskarżony wyrok Sądu Garnizonowego w Warszawie z dnia 28 października 2008 roku i przekazał sprawę Mariana N. do ponownego rozpoznania sądowi I instancji. Wyrok Wojskowego Sądu Okręgowego w sprawie pozostałych trzech oskarżonych, zapadł w dniu 7 października 2009 r. Sąd również w tym przypadku uchylił zaskarżony wyrok, przekazując sprawę do ponownego rozpoznania Sądowi Garnizonowemu w Warszawie.
Rok później w dniu 22 czerwca 2010 r. Sąd Garnizonowy zawiesił postępowanie karne przeciwko Marianowi N. ze względu na zły stan zły zdrowia oskarżonego.
W sprawie Jerzego G., jego obrońca wniósł wniosek o umorzenie postępowania, z uwagi na występowanie ujemnej przesłanki procesowej – immunitetu sędziowskiego. Sąd Okręgowy w Warszawie przychylił się do wniosku obrońcy i postanowieniem z dnia 25 stycznia 2011 r. postępowanie karne w sprawie Jerzego G. umorzył. Prokurator wniósł, w dniu 31 stycznia 2011 r., zażalenie w tej sprawie, do Izby Wojskowej Sądu Najwyższego.
Sąd Najwyższy – Izba Wojskowa w dniu 15 marca 2011 r. utrzymał w mocy zaskarżone postanowienie Sądu Okręgowego z dnia 25 stycznia 2011 r. Kasację od tego postanowienia wniósł w dniu 14 września 2011 r. Dyrektor Głównej Komisji, wnosząc o uchylenie postanowienia Sądu Najwyższego – Izby Wojskowej oraz utrzymanego tym orzeczeniem w mocy postanowienia Sądu Okręgowego.
Sąd Najwyższy w dniu 18 października 2011 r. oddalił kasację Dyrektora Głównej Komisji.
W dniu 11 stycznia 2012 Wojskowy Sąd Garnizonowy w Warszawie wydał postanowienie o umorzeniu postępowania karnego przeciwko Marianowi N., z uwagi na śmierć oskarżonego.
W dniu 9 marca 2012 r. Wojskowy Sąd Okręgowy w Warszawie wydał wyrok w stosunku do dwóch dalszych oskarżonych – Wiktora L. i Józefa Ch. Wojskowy Sąd Okręgowy wyeliminował z kwalifikacji prawnej przestępstw przypisanych obydwu oskarżonym art. 3 ustawy z dnia 18 grudnia 1998 r. o Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu, to jest przypisaną wymienionym zbrodnię przeciwko ludzkości i na podstawie art. 1 ust. 1 ustawy z dnia 7 grudnia 1989 r. o amnestii postępowanie karne przeciwko wymienionym oskarżonym umorzył.
W dniu 18 czerwca 2012 r. prokurator IPN złożył apelacje od powyższego wyroku do Izby Wojskowej Sądu Najwyższego wnosząc o jego uchylenie oraz o przekazanie sprawy sądowi pierwszej instancji do ponownego rozpoznania.
Apelację od wyroku z dnia 9 marca 2012 r. złożył również obrońca Józefa Ch. Wnosząc o zmianę zaskarżonego wyroku, poprzez umorzenie postępowania karnego wobec oskarżonego na podstawie art. 17 § 1 pkt 2 kpk i uwolnienie go od zarzutów popełnienia zarzucanych mu przestępstw.
W dniu 8 sierpnia 2012 r. Sąd Najwyższy uchylił zaskarżony wyrok i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania sądowi pierwszej instancji.
Wojskowy Sąd Okręgowy w Warszawie w dniu 5 marca 2014 r. postanowił zawiesić postępowanie w sprawie Józefa Ch. ze względu na zły stan zdrowia oskarżonego. Prokurator nie zgodził się z decyzją sądu i w dniu 2 kwietnia 2014 r. wniósł do Sądu Najwyższego zażalenie na postanowienie o zawieszeniu postępowania
W dniu 5 czerwca 2014 r. Sąd Najwyższy rozpatrzył zażalenie prokuratora, postanowił uchylić zaskarżone postanowienie oraz przekazać sprawę Wojskowemu Sądowi Okręgowemu celem kontynuowania postępowania.
Wojskowy Sąd Okręgowy postanowieniem z dnia 27 kwietnia 2016 r. zawiesił postępowanie karne przeciwko Józefowi Ch. Z uwagi na jego aktualny stan zdrowia i negatywne prognozy, co do ewentualnej poprawy w przyszłości.
W związku z powyższym materiały dotyczące Wiktora L. wyłączono do odrębnego postępowania i przekazano według właściwości ogólnej Sądowi Rejonowemu dla Warszawy Mokotowa.
Sąd Rejonowy dla Warszawy Mokotowa w dniu 1 sierpnia 2016 r. wydał postanowienie, w którym stwierdził swoją niewłaściwość miejscową i przekazał sprawę do dalszego prowadzenia Sądowi Rejonowemu dla Warszawy-Śródmieścia, celem rozpoznania.
W dniu 29 grudnia 2016 r. Wojskowy Sąd Okręgowy w Warszawie podjął zawieszone postępowania w sprawie Józefa Ch., a następnie umorzył je wobec zgonu oskarżonego.
Sąd Rejonowy dla Warszawy – Śródmieścia w dniu 27 lutego 2017 r. wydał postanowienie o zawieszeniu postępowania w sprawie przeciwko Wiktorowi L. Na podstawie opinii biegłych, sąd orzekł, iż stan zdrowia oskarżonego nie pozwala mu na wzięcie udziału w postępowaniu sądowym.
W dniu 29 września 2017 r. Sąd Rejonowy dla Warszawy Śródmieścia podjął zawieszone postępowanie karne przeciwko Wiktorowi L. i umorzył je ze względu na śmierć oskarżonego.