W dniu 20 marca 2012 r. prokurator Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Gdańsku skierował do Wojskowego Sądu Okręgowego w Warszawie akt oskarżenia przeciwko byłym funkcjonariuszom państwa komunistycznego:
- Szefowi Sztabu generalnego Wojska Polskiego Florianowi S.
- Zastępcy Ministra Spraw Wewnętrznych Szefowi Służby Bezpieczeństwa Władysławowi C.,
- Dyrektorowi Departamentu V Ministerstwa Spraw Wewnętrznych Józefowi S.
Prokurator oskarżył ich o to, że w okresie od 21 października 1982 r. do 16 lutego 1983 r. w Warszawie i Chełmnie dopuścili się popełnienia zbrodni przeciwko ludzkości, będącej jednocześnie zbrodnią komunistyczną, polegającej na stosowaniu represji wobec wytypowanych ze względu na poglądy polityczne i działalność opozycyjną 304 żołnierzy rezerwy, poprzez powołanie ich na trzymiesięczne ćwiczenia wojskowe w okresie od 5.11.1982 r. do 2-3.02.1983 r. do 9 Pomorskiego Pułku Pontonowego JW 1636 w Chełmnie.
Sprawcy, realizując przestępcze działanie w celu odizolowania przeciwka politycznego – działaczy opozycji, członków NSZZ „Solidarność”, nie podlegających internowaniu lub zatrzymaniu, wbrew obowiązującym wówczas przepisom prawa poddali ich intensywnej reedukacji społecznej na poligonie, w warunkach dyscypliny i porządku wojskowego, która łączyła się ze szczególnym udręczeniem powołanych na ćwiczenia i stanowiła poważne prześladowanie wobec osób przynależnych do określonej grupy o innych poglądach społeczno-politycznych
Czyny zarzucane oskarżonemu zostały opisane w art. 231 § 1 i 2 kk w zw. z art.2 ust. 1 i art. 3 ustawy z dnia 18 grudnia 1998 r. o Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu (Dz. U. z 1998 roku, Nr 155, poz. 1016 z późn. zm.) w zw. z art. 4 § 1 kk.
W dniu 6 czerwca 2012 r. Sąd Okręgowy w Warszawie wydał postanowienie na mocy którego przekazał sprawę Józefa S., Władysława C. oraz Floriana S. prokuratorowi oddziałowej komisji w celu uzupełnienia śledztwa, poprzez przeprowadzenie dowodu z opinii właściwych biegłych lekarzy. Zdaniem sądu należało zwrócić się do biegłych lekarzy w celu ustalenia, czy stan zdrowia oskarżonych pozwala na ich udział w czynnościach śledztwa, a następnie czynnościach sądowych.
Prokurator oddziałowej komisji w dniu 14 czerwca 2012 r. skierował do Sądu Najwyższego zażalenie na powyższe postanowienie Sądu Okręgowego, wnosząc o jego uchylenie oraz o przekazanie sprawy sądowi pierwszej instancji do ponownego rozpatrzenia.
W dniu 21 sierpnia 2012 r. Sąd Najwyższy uchylił zaskarżone postanowienie i przekazał sprawę do rozpoznania Wojskowemu Sądowi Okręgowemu w Warszawie.
W dniu 22 listopada 2012 r. Wojskowy Sąd Okręgowy w Warszawie zawiesił postępowanie w stosunku do Floriana S., ze względu na zły stan zdrowia oskarżonego i przekazał sprawę Henryka S. i Władysława C. do rozpoznania Sądowi Rejonowemu dla Warszawy – Mokotowa. Sąd uznał się za niewłaściwy do rozpoznania sprawy Józefa S. i Władysława C. argumentując, iż w momencie popełnienie czynu zarzuconego im aktem oskarżenia nie byli oni żołnierzami. Zdaniem sądu, właściwym do rozpoznania ich sprawy będzie więc sąd rejonowy, w którego okręgu popełniono przestępstwo.
Sąd Rejonowy dla Warszawy – Mokotowa postanowieniem z dnia 25 stycznia 2013 r., wystąpił do Sądu Apelacyjnego w Warszawie o przekazanie sprawy Józefa S i Władysława C. do rozpoznania Sądowi Okręgowemu w Warszawie, ze względu na szczególną wagę i zawiłość sprawy.
W dniu 29 kwietnia 2013 r. Wojskowy Sąd Okręgowy w Warszawie umorzył postępowanie karne wobec Floriana S., z uwagi na fakt, iż oskarżony zmarł (art. 17 § 1 pkt. 5 kpk). Postanowienie uprawomocniło się w dniu 12 czerwca 2013 r.
W dniu 27 sierpnia 2013 r. Sąd Rejonowy dla Warszawy – Mokotowa umorzył postępowanie przeciwko Józefowi S. i Władysławowi C. na podstawie art. 17 § 1 pkt 6 kpk (z powodu przedawnienia karalności czynów). W dniu 10 września 2013 r. prokurator wniósł do Sądu Okręgowego w Warszawie zażalenie, zaskarżając powyższy wyrok w całości na niekorzyść oskarżonych.
W dniu 13 lutego 2014 r. Sąd Okręgowy w Warszawie rozpoznał zażalenie prokuratora na postanowienie Sądu Rejonowego z dnia 27 sierpnia 2013 r.. Sąd Okręgowy w Warszawie uchylił powyższe postanowienie i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania, uznając iż nie nastąpiło przedawnienie zarzucanych oskarżonym czynów.
W dniu 10 czerwca 2014 r. Sąd Rejonowy dla Warszawy Mokotowa, rozpoznając sprawę przeciwko Józefowi S. i Władysławowi C. skierował do Sądu Okręgowego w Warszawie wniosek o przekazanie sprawy Sądowi Rejonowemu Gdańsk – Północ w Gdańsku (z uwagi na to, że większość świadków mieszka na Pomorzu). Uwzględnienie wniosku Sądu Rejonowego uniemożliwiłoby jednak udział w posiedzeniach samym oskarżonym, z których jeden ma 90 lat a drugi – 80 lat.
Sąd Okręgowy w Warszawie 17 lipca 2014 r. nie uwzględnił wniosku Sądu Rejonowego dla Warszawy Mokotowa oraz zobowiązał go do niezwłocznego przystąpienia do rozpoznania sprawy.
Wyrokiem z dnia 22 lutego 2018r. Sąd Rejonowy dla Warszawy – Mokotowa w Warszawie III Wydział Karny uznał Józefa Tadeusza S. winnym popełnienia czynów kwalifikowanych z art. 231 § 1 kk w zw. z art. 2 ust 1 ustawy o IPN i art. 3 ustawy o IPN i skazał go na karę 2 lat pozbawienia wolności oraz orzekł podanie wyroku do publicznej wiadomości, natomiast Władysława Ignacego C. uznał winnym popełnienia czynów kwalifikowanych z art. 231 § 1 kk w zw. z art. 189 § 2 kk w zw. z art. 2 ust 1 i art. 3 ustawy o IPN i skazał na karę 2 lat pozbawienia wolności oraz orzekł podanie wyroku do publicznej wiadomości.
W dniu 29 listopada 2018 r. apelację od powyższego wyroku złożył obrońca Władysława C.
Dnia 3 grudnia 2018 swoje apelacje skierowali także obrońca oskarżonego Józefa S. oraz prokurator Oddziałowej Komisji ŚZpNP w Gdańsku. Ponadto w dniu 28.11.2018 r. apelację złożył także oskarżyciel posiłkowy.
Sąd Okręgowy w Warszawie w dniu 19 listopada 2019 r. zmienił wyrok Sądu Rejonowego w ten sposób, iż uznał Władysława C. i Józefa S. za współwinnych popełnienia zbrodni przeciwko ludzkości i zbrodni komunistycznej wyczerpującej znamiona występku z art. 231 § 1 i 2 kk. Wymierzoną przez Sąd Rejonowy karę, Sąd Okręgowy uznał za słuszną i adekwatną do popełnionego czynu.
W dniu 3 grudnia 2020 r. Sąd Rejonowy dla Warszawy Mokotowa wydał postanowienie w sprawie odroczenia wykonania kary pozbawienia wolności wymierzonej Władysławowi C. do dnia 3 czerwca 2021 r. Postanowienie to zostało zaskarżone przez prokuratora w dniu 9 grudnia 2020 r.
Dnia 3 lutego 2021 r. Sąd Okręgowy w Warszawie wydał postanowienie na mocy którego uchylił zaskarżone postanowienie o odroczeniu wykonania kary i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania Sądowi Rejonowemu dla Warszawy-Mokotowa w Warszawie.
Obrońca skazanego Władysława C. złożył kasację od wyroku Sądu Okręgowego z dnia 19 listopada 2019 r. na którą odpowiedział prokurator w dniu 22 lutego 2021 r.