Prokurator Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu Krakowie, w dniu 22 grudnia 2009 r. skierował akt oskarżenia przeciwko Kazimierzowi L., Andrzejowi Cz., Ryszardowi R., Krzysztofowi H., Kazimierzowi Z. i Janowi D., byłym funkcjonariuszom Wojewódzkiego Urzędu Spraw Wewnętrznych w Krakowie, którzy w dniu 3 maja 1987 r. w Krakowie, będąc funkcjonariuszami Milicji Obywatelskiej WUSW, działając wspólnie i w porozumieniu z innymi funkcjonariuszami MO wzięli udział w pobiciu uczestników manifestacji patriotycznej na Wawelu, w tym Zbigniewa R., Iwy S., Pawła S. Agaty M.B., Ryszarda B. Zbigniewa B., Mieczysława P., Mariusza K., Macieja G., Jacka S., Petroneli W., oraz Stanisława S.
W wyniku pobicia Zbigniew R. doznał złamania lewego ramienia, żuchwy, żebra, oderwania kostki bocznej podudzia prawego. Ida S. doznała stłuczenia głowy i otarcia naskórka na kolanach, a Paweł S. - złamania nosa. Pozostałe osoby doznały obrażeń naruszjących ich nietykalność cielesną.
Oskarżonym zarzucono czyny z 158 § 1kk z 1969 r. w zw. z art.2 ust. 1 ustawy z dnia 18 grudnia 1998 r. o Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu (Dz. U. nr 155, poz. 1016 z późn. zmianami) oraz czyny z art. 158 § 1 kk z 1969 r. i art. 156 § 1 kk z 1969 r. i art. 156 § 2 kk z 1969 r. w związku z art. 2 ust. 1 ustawy z dnia 18 grudnia 1998 r. o Instytucie Pamięci Narodowej
W dniu21 maja 2012 r. Sąd Rejonowy dla Krakowa Śródmieścia wydał wyrok w którym:
- uznał Kazimierza L. za winnego zarzucanych mu czynów i na podstawie art. 158 § 1 kk wymierzył mu karę 2 lat i 10 miesięcy pozbawienia wolności, złagodzoną na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 7 grudnia 1989 r. o amnestii, do 1 roku i 5 miesięcy pozbawienia wolności.
- uznał Ryszarda R. za winnego popełnienia zarzucanych mu czynów i na podstawie art. 158 § 1 kk wymierzył mu karę 2 lat i 8 miesięcy pozbawienia wolności, złagodzoną na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 7 grudnia 1989 r. o amnestii, do 1 roku i 4 miesiące pozbawienia wolności.
- uznał Krzysztofa H. za winnego popełnienia zarzucanych mu czynów i i na podstawie art. 158 § 1 kk wymierzył mu karę 2 lat i 8 miesięcy pozbawienia wolności, złagodzoną na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 7 grudnia 1989 r. o amnestii, do 1 roku i 4 miesiące pozbawienia wolności.
- uznał Andrzeja Cz. za winnego popełnienia zarzucanych mu czynów i i na podstawie art. 158 § 1 kk wymierzył mu karę 2 lat i 4 miesięcy pozbawienia wolności, złagodzoną na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 7 grudnia 1989 r. o amnestii, do 1 roku i 2 miesięcy pozbawienia wolności.
W stosunku do Kazimierza L., Ryszarda R., Krzysztofa H. oraz Andrzeja Cz. sąd zawiesił wykonanie kary na okres próby wynoszący 2 lata.
W stosunku do Kazimierza L. Ryszarda R., Krzysztofa H. oraz Andrzeja Cz. sąd orzekł karę dodatkową w postaci podania wyroku do publicznej wiadomości w czasopismach – poczytnym na terenie całej Polski oraz poczytnym na obszarze miasta Krakowa.
Sąd przyjął że Kazimierz Z. oraz Jan D. wzięli udział w pobiciu uczestników manifestacji patriotycznej na Wawelu. Sąd zakwalifikował ich czyn jako opisany w art. 158 § 1 kk w związku z art. 2 ust. 1 ustawy z dnia 18 grudnia 1989 r. o Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu, jednak w oparciu o art. 1 ust. 1 ustawy z dnia 7 grudnia 1989 r. o amnestii - postępowanie karne przeciwko tym oskarżonym umorzył.
Obrońcy Kazimierza L. oraz Krzysztofa H. wnieśli od tego wyroku apelację.
W dniu 28 marca 2013 r. Sąd Okręgowy w Krakowie postanowił wznowić przewód sądowy celem rozważenia zwrócenia się do Sądu Najwyższego o wykładnię ustawy dotyczącej przepisu art. 102 kk, uznając iż ma to znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy i postanowił w tym celu rozprawę odroczyć.
Następnie w dniu 22 kwietnia 2013 r. przekazał Sądowi Najwyższemu do rozstrzygnięcia zagadnienie wymagające jego zdaniem zasadniczej wykładni ustawy. Zgodnie z życzeniem Sądu Najwyższego, w przedmiocie rozstrzygnięcia zagadnienia prawnego o którym mowa, wypowiedział się także Dyrektor Głównej Komisji, wnosząc o odmowę podjecia uchwały.
W dniu 25 września 2013 r. Sąd Najwyższy postanowił odmówić podjęcia uchwały, uzasadniając iż zagadnienie prawne przedstawione przez Sąd Okręgowy w Krakowie nie należy do zagadnień wymagających zasadniczej wykładni ustawy.
Wobec takiego rozstrzygnięcia Sąd Okręgowy wznowił postępowanie w powyższej sprawie, a w dniu 23 stycznia 2014 r. wydał wyrok, którym uchylił wyrok Sądu Rejonowego z dnia 21 maja 2012 r. w odniesieniu do wszystkich oskarżonych i umorzył postępowanie karne na podstawie art. 17 § 1 pkt 6 kpk – z powodu przedawnienia karalności.