Posiedzenia Kolegium odbywają się nie mniej niż raz w miesiącu i zazwyczaj przebiegają wedle następującego schematu (porządku obrad):
- Informacja Prezesa Instytutu (lub osoby przez niego wskazanej) o bieżących sprawach Instytutu oraz pytania i interpelacje członków Kolegium w sprawach związanych z działalnością Instytutu.
- Omawianie problemów z zakresu działalności Instytutu (pionów, komórek organizacyjnych czy agend) zgodnie z wcześniej ustalonym harmonogramem przez Kolegium. Podstawą dyskusji są informacje pisemne przygotowane przez osoby wskazane przez Prezesa oraz ich prezentacja ustna. W tej części posiedzenia uczestniczą obok Prezesa osoby przez niego wskazane. Zgodnie z wymogami ustawy lub w przypadku spraw szczególnie ważnych Kolegium podejmuje „uchwałę”, która jest decyzją, lub przyjmuje „stanowisko”, które wyraża jej opinię. Dyskusja nad tekstem uchwały lub stanowiska odbywa się tylko w gronie członków Kolegium.
- Sprawy porządkowe oraz omawianie bieżących spraw, które wpłynęły do Kolegium lub zostały wniesione przez jej członków.
Działalność Kolegium w 2025 r.
- 21 stycznia 2025 r. – wysłuchano informacji na temat funkcjonowania Oddziału IPN w Gdańsku, przedstawionych przez dyrektora dr. Marka Szymaniaka oraz Delegatury IPN w Olsztynie przez dr. hab. Karola Sacewicza. Ponadto Kolegium IPN przyjęło stanowisko przekazane do Piotra Przytockiego, Prezydenta Miasta Krosna oraz omówiło projekt sprawozdania ze swojej działalności za rok 2024;