Celem konferencji było podsumowanie dotychczasowego stanu badań nad takimi kwestiami jak: policja polityczna, wojsko, sądownictwo i prokuratura, traktowanych jako integralne elementy aparatu represji oraz zwrócenie uwagi na obszary niedostatecznie eksplorowane przez historyków. Uczestnicy konferencji wskazywali także problemy związane z prowadzeniem badań nad szeroko rozumianym aparatem represji w Polsce i w innych państwach bloku sowieckiego oraz dokonywali porównań między organizacją i przejawami działalności aparatu represji w Polsce i w innych państwach komunistycznych w latach 1944–1989/1990.
– Spotykamy się na konferencji w Lublinie – mieście, w którym w tej komunistycznej propagandzie, w tej mitologii budowanej po II wojnie światowej miała odrodzić się Polska. Przypomnę, że 22 lipca było święto w PRL-u, które wówczas nazywano Narodowym Świętem Odrodzenia Polski i to święto miało być związane z ogłoszeniem tzw. Manifestu Polskiego Komitetu Wyzwolenia Narodowego. Ale tak jak wszystko w systemie komunistycznym, to święto i ten manifest były fałszem i kłamstwem. Fundament, na którym budowano Polskę komunistyczną, Polskę zniewoloną, Polskę znajdującą się pod de facto okupacją sowiecką, budowano na bagnetach Armii Sowieckiej na oficerach sowieckiego NKWD, na doświadczeniach tego totalitarnego systemu Sowieckiego
– mówił podczas konferencji zastępca prezesa IPN dr hab. Karol Polejowski.
W konferencji naukowej wzięło udział 35 referentów. Reprezentowali oni zarówno ośrodki krajowe: Uniwersytet Jagielloński, Uniwersytet im. Adama Mickiewicza, Uniwersytet im. Mikołaja Kopernia, Uniwersytet w Białymstoku, Uniwersytet Pomorski, Uniwersytet Rzeszowski, Lotniczą Akademię Wojskową, Muzeum Historii Polskiego Ruchu Ludowego, Muzeum Żołnierzy Wyklętych i Więźniów Politycznych, Instytutu Strat Wojennych im. Jana Karskiego, Instytutu Pamięci Narodowej, jak i zagraniczne: Uniwersytet w Belgradzie, Katolicki Uniwersytet Petera Pazmanya, Caroll Gaspar University of the Reformed Church in Hungary, Uniwersytet 1 Grudnia 1918 r. w Alba Iulia, Wołyński Narodowy Uniwersytet im. Hesi Ukrainki w Łucku, Instytut Badań Polityki Regionalnej w Łucki, Węgierski Komitet Pamięci Narodu.
Pierwszego dnia odbyło się pięć paneli. Poruszana w ich trakcie tematyka dotyczyła m.in. wpływu Sowietów na powstanie sytemu represji (np. w Jugosławii oraz w Polsce) oraz ich roli w szkoleniu kadr. Podniesiono także problematykę relacji między partiami komunistycznymi a aparatem represji, kształtowania jego struktur po okresach kryzysu (na przykładzie Węgier po 1956 r.). Uczestnicy podjęli również próbę podsumowania stanu badań nad wywiadem i wskazania nowych źródeł w tym zakresie. Starali się jednocześnie zaproponować nowe metody i obszary badań nad aparatem represji, podkreślając konieczność ich interdyscyplinarności. Referenci zajęli się też kwestią relacji rządzących partii z kościołami i związkami wyznaniowymi. Nie mogło także zabraknąć analizy przejawów represji, w tym funkcjonowania instytucji terroru (np. Wojskowej Prokuratury Rejonowej w Katowicach) oraz porównania metod stosowanych w wybranych państwach (działania skierowane przeciw działaczom ruchu ludowego w Polsce, Bułgarii i Węgrzech). Każdy z paneli zamknęły liczne pytania zadawane przez publiczność prelegentom.
Drugi dzień konferencji otworzyła dyskusja dotycząca stanu i perspektyw badań nad aparatem represji z udziałem przedstawicieli Uniwersytetu Wrocławskiego, Uniwersytetu Ignatianum w Krakowie oraz Instytutu Pamięci Narodowej. Uczestnicy kolejnych trzech paneli dokonali m.in. analizy sposobu definiowania „wroga” w państwach monocentrycznych (na przykładzie spraw prowadzonych przez NKWD przeciw Polakom, oficerom Armii Czerwonej oraz przekazu propagandowego towarzyszącego tzw. wojnie zimowej). Referenci omówili również inne formy represji stosowane wobec osób uznanych za przeciwników systemu (wykorzystanie tzw. psychiatrii represyjnej w ZSRS, prześladowania dotykające alumnów seminariów odbywających służbę wojskową) oraz działalność cenzury (przełożenie kwestii ideologicznych na dopuszczenie do druku zagranicznych powieści). Poddali analizie działania funkcjonariuszy aparatu represji skierowane przeciw osobom i grupom zakwalifikowanym do kategorii „wróg” (np. techniki oraz przesłanki inwigilacji duchownych w Rumunii, represji wobec podziemia, również po 1956 r., stosowanych zarówno przez rodzimy, jak sowiecki aparat przemocy). Prelegenci omówili także budowę struktur aparatu represji i jego kadry. Każdy z paneli zamknęły liczne pytania zadawane przez publiczność prelegentom.
Tematy wygłoszonych w trakcie konferencji referatów odnosiły się do wielu wątków funkcjonowania aparatu represji, od kwalifikacji do kategorii „wróg”, przez represje stosowane wobec osób i grup uznanych za przeciwnika (porównanie w poszczególnych państwach bloku sowieckiego), po rolę Sowietów w kształtowaniu systemu represji. Istotnym celem spotkania było omówienie stanu badań oraz wskazanie ich dalszych kierunków.
